4月25日环保部于向胶济铁路客运专线公司下达“最后通牒”，要求将处于“违法状态”的胶济铁路客运专线在5月31日前停止使用。然而，在“停运大限”过去多日之后，这条繁忙的客运专线一直在正常运营。
环保部门有言在先 必须执行“三同时”制度
胶济铁路客运专线是我国建设的第一条高速客运专线。2005年4月1日，铁道部与山东省政府签署《铁道部山东省政府加快山东铁路建设会谈纪要》，决定在2008年前建成青岛至济南客运专线。2006年3月7日，原国家环境保护总局批复同意按照《改建铁路胶济线增建四线工程环境影响报告书》（增建四线工程即客运专线）所列建设项目的性质、规模、地点、环境保护对策措施及批复要求进行项目建设，并提出要求：项目建设必须严格执行配套建设的环境保护设施与主体工程同时设计、同时施工、同时投入使用的环境保护“三同时”制度。项目竣工后，建设单位必须按规定程序申请环境保护验收。验收合格后，项目方可正式投入运营。
胶济铁路客运专线工程于2007年1月8日正式开工，于2008年12月21日全线贯通投入使用。此后，济南青岛间每天对开动车组15对以上，运行时间接近两个半小时。
2009年8月，环保部华东环境保护督查中心于现场调查中发现，胶济铁路客运专线公司没有严格执行有关环保要求，违反了《中华人民共和国环境保护法》和《建设项目环境保护管理条例》有关“三同时”制度的规定。
运行三年 环保验收还未进行
根据上述情况，环保部于2009年9月10日发出通知，认为胶济铁路客运专线未经验收就投入运行，胶济铁路客运专线公司已违法并拟作出处罚决定。
当年9月23日和29日胶济铁路客运专线公司针对环保部的通知进行了陈述、申辩：一是认为该工程执行了“三同时”制度，并针对不同区域采取了不同的噪声治理措施，对工程征地界内的房屋实施拆迁，对征地界以外的声环境敏感建筑物采取了工程措施；二是认为该铁路专线主体工程还未完成，列车限速未达到设计标准，虽然工程于2008年12月21日全线贯通，但并不能认为已经正式投入使用。三是认为该工程是连接京沪铁路的繁忙干线，一旦停止使用、中断运输，将给国家社会、经济、国防造成重大损失，旅客出行受阻，影响社会稳定。记者了解到，根据胶济铁路客运专线公司的申辩内容，环保部将胶济铁路客运专线试运行开始时间确定为2009年10月13日。但一年以后该工程依然未申请环保验收。
环保部在2010年11月发送的《责令改正违法行为决定书》。该通知书认为：“鉴于你公司改建铁路胶济线增建四线工程涉及公共利益，故将"责令停止使用"缓期至2011年3月31日执行。”但直到2011年4月，情况依旧。环保部遂于4月25日再次发送《督促履行通知书》。
5月12日，胶济铁路客运专线公司一位不愿透露姓名的人士说：“济青间的动车不会停。”并称公司已经获知环保部下达的通知书，也知道给出的5月底的最后期限，“目前正在积极进行相关环评的上报”。该人士还解释说，整个工程实际上还没有完工，还处于收尾阶段，环保验收应该由胶济客运专线工程指挥部负责，至于具体进展到哪一步并不清楚。 | 
